Скит расположен в урочище, ранее именовавшемся «Лазаревщина». По ходатайству первого епископа Чигиринского Феофана с 1802 г. это урочище стало хутором при загородном викариатском доме – даче преосвященного настоятеля Михайловского Златоверхого монастыря. В 1802–1803 гг. был построен и освящен первый храм – в честь Чуда Архангела Михаила и архиерейский дом при храме. Митр. Киевский Гавриил благословил переименовать Лазаревщину в Феофанию. Свт. Иннокентий много потрудился здесь и ввел в Феофании библейские названия. Еп. Серафим в 1861 г. благословил открыть в Феофании скит. Обустроился скит трудами опытных старцев, подвижников благочестия иг. Вонифатия и схиигумена Иринарха . До революции в Феофании было построено 4 храма: Чуда Архангела Михаила (деревянный), Всех Святых, Владимирской иконы Божией Матери и собор вмч. Пантелеимона.

Закрыли скит до войны. Все было либо разрушено, либо изуродовано до неузнаваемости. В 1941 г. во время обороны Киева Пантелеимоновский собор подвергся минометному обстрелу. После войны Институт механики АН УССР проводил в соборе эксперименты со взрывами направленного действия. 7 / 20 мая 1990 г. изуродованное здание собора возвращено Церкви. Сразу начались восстановительные работы. С 1993 г. Феофания стала скитом Покровского женского монастыря. 17 / 30 августа 1998 г. Пантелеимоновский собор освящен архиерейским чином (впервые за 90 лет существования). Строится Благовещенский храм. 27 мая / 9 июня 2002 г. обитель стала самостоятельной.