Богоявленский монастырь в Кременце построен в 1633 году по разрешению короля Речи Посполитой в качестве мужского. В 1636 году Киевский митрополит Петр Могила объявил Кременецкую обитель и Братство подчиненными Константинопольскому Патриарху и его экзарху в Украине – митрополиту, с задачей Кременецкому Братству быть защитой православия в округе. При монастыре были созданы школа, типография и больница — первые в Кременце. После подписания унии 1701 года, монастырь стал униатским.
После включения Кременца в состав Российской империи постройки Богоявленского монастыря передали Кременецкому лицею — быв.
Коллегиуму, а сам монастырь перевели в костел и кельи бывшего католического монастыря. Нынешнее помещение Богоявленский монастырь получил в 1839 году и с 1873 года являлся резиденцией викария Волынской епархии – епископа Острожского (Кременецкого). С 1919 года здесь действовала Православная духовная семинария. В 1953 году монастырь стал женским, в 1959 году его упразднили. 26 августа 1990 года является датой возрождения Богоявленской женской обители, когда икону Скорбящей Божией Матери перенесли сюда из Почаева крестным ходом.