Монастырь был основан в 1627 г. как оборонный. Основателями монастыря и костела монахов-бернардинцев были князья Збаражские. Бернардинцы появились у Збараже в 1627 г. по приглашению князя Ежи Збаражского, кастеляна Краковского. Он построил для них деревянный монастырь и начал строительство каменных костела и кляштора.

Сооружение костела началось в 1627 году и было завершено через 10 лет уже усилиями князя Януша Вишневецкого и его супруги Евгении. В 1637 г. княгиня Вишневецкая подписала акт основания монастыря. Во времена казацких войн монастырь уцелел, хотя и сильно пострадал. В 1675 году татарские и турецкие завоеватели уничтожили костел и монастырь и лишь в 1723 г. с помощью Юзефа и Станислава Потоцких в Збараже был возведен величественный костел св. Антония, который сохранился доныне. Освящение состоялось 2 августа 1755 года. В 1755 году монастырь был реконструирован в ренессансно-барочном стиле. В интерьерах была применена так называемая "иллюзорная живопись". Частично сохранились алтари со скульптурной отделкой XVIII ст. (авторство А. Осинского), фрагменты стенописи конца XVIII ст. и ХІХ ст. От живописи сохранились лишь фрагменты, как и от замечательного резного декора монастыря. Монастырь был одним из самых влиятельных на Подолье, пока не наступили австро-венгерские времена (1785р.), когда заведение "секуляризовали" по приказу цесаря. При кляшторе действовали философские студии, происходили провинциальные капитулы. С 1768 г. при монастыре действовал госпиталь-убежище для бедных и больных, а с 1777 г. - приходская школа и латинская гимназия. Здесь получили образование Игнаций Дашинский (политик, премьер Любельского правительства в 1918 г.) и архиепископ, кавалер Ордена Белого Орла Игнаций Токарчук.

Во время украинско-польской войны 1918-1920рр. кляштор сильно пострадал, а уже в послевоенное время вообще превратился в руины. Колокольня (1746-1755, архитектор Йоган Ганц) является составляющей комплекса монастыря бернардинцев. В отличие от костела, колокольня не была повреждена во время пожара в 1788 г., а потому сохранила свои первоначальные бароковые формы.

Бернардинцы вернулись в город в 1990 г. В настоящий момент храм понемногу приводят в нормальное состояние, хотя его подвалы, говорят, все еще полные костей и черепов - или это "сувениры" от монахов прошлых веков, или от более поздних жертв тоталитарных режимов, сказать трудно.